近年來,隨著（zhe）水產養殖業的蓬勃發展,養殖品種的老化和（hé）退（tuì）化,水產動物疾病的頻繁發生,養殖水體環境的日益惡化,這三大問題已成為阻礙我國水產養（yǎng）殖業（yè）發展的瓶頸。尤其是以投餌為主的養殖模式,殘餌、糞便、死亡生物的殘體、養殖池塘底物的（de）沉（chén）積物、氮(N)、磷(P)等富營養因子排入水體,養殖水體中的化（huà）學需要量(COD)、生物需要量(BOD)嚴重超標,使水體日益嚴重惡化,水產動物疾（jí）病頻繁發生。據（jù）報道,人工投餌輸入蝦池的氮占（zhàn）總（zǒng）輸入的氮的90%左右,其中僅有19%轉化為蝦體內的（de）氮（dàn）,其餘的62%~68%的氮積累於蝦池底部淤泥中,此外有8%~12%以懸浮顆粒氮溶（róng）解有機氮、溶解無機氮等形（xíng）式存（cún）於池水中,這（zhè）造成池塘水質的（de）嚴重惡化。改善水生養殖環境,實行生物修複勢在必行。
芽孢杆菌作為一種簡易的細菌（jun1）(真細菌),是土壤中的優勢種（zhǒng）群,能強烈地分（fèn）解碳係、氮係、磷係、硫係汙染物（wù）,分解蛋白質和（hé）複雜多（duō）糖,對水溶性有機物分解也有重要（yào）的作用,同（tóng）時可以與養（yǎng）殖環（huán）境中的有害藻類及水產致病菌競爭,形成優勢種群,抑製有害藻類及水產致病菌。由於它的特性與功能（néng）優於（yú）光合細菌而有望成為光和細（xì）菌的替代品,已成為當前國際淨水界的研究熱（rè）點。
芽孢杆菌的種類:
目前,可利用的芽孢（bāo）杆菌有:枯草芽孢杆菌、凝結芽孢杆菌、緩慢（màn）芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短（duǎn）小（xiǎo）芽孢杆菌、蠟樣芽孢杆菌、環狀芽孢（bāo）杆菌、巨大芽孢杆菌、堅強芽孢杆菌、東洋芽（yá）孢杆（gǎn）菌、納豆（dòu）芽孢（bāo）杆菌、芽孢乳杆菌、丁酸梭等。
芽孢杆菌對水質淨化的作（zuò）用機理：
芽孢杆菌類淨水微（wēi）生物的使用,使養殖者在不中斷（duàn）養殖過程的情況下,清除長時間殘留於養殖（zhí）水域底部廢（fèi）物（wù）,尤其是老蝦池底部積累的大量殘餘餌料、排泄廢物、動植物殘體以及（jí）有害氣體(氨,硫化（huà）氫等),使之先分解為小分子（zǐ）(多肽、高級脂肪酸（suān）等),後分解為更小分子有（yǒu）機物
(氨基酸、低級脂肪酸、單糖、環烴等),最終分解為二（èr）氧化碳、硝（xiāo）酸鹽、硫酸鹽等,有效降低了（le）水（shuǐ）中的COD、BOD,使水體中的氨氮(NH4+-N)與亞硝酸氮(NO2--N)、硫化物濃度降低（dī）,從而有效地改（gǎi）善水（shuǐ）質。同時還能為以單細胞藻類為主的浮遊植物（wù）提（tí）供營養物質,促進繁殖。這些浮遊植物的光合作用,又為池內底棲水產動物的呼吸、有機物的分解提供氧氣,從而形成一個（gè）良性生態循環。
由於芽孢杆菌大量繁殖,在池內形成優勢種（zhǒng）群,可抑製病原微生物的繁殖,減少疾病發生。
芽孢（bāo）杆菌（jun1）對水生生（shēng）態係統作用效果
3.1去碳功能
芽孢杆菌具有豐富的蛋白酶、脂肪酶、澱粉酶、纖維素酶、脫氫酶、脫羧酶、氧化酶等能強烈的（de）分解碳（tàn）係（xì）汙染物,分解蛋白（bái）質和複雜多糖,對（duì）水溶性有機物分解也有重要的作用。
養（yǎng）殖池塘內的懸浮物(簡稱“絮團”)和底泥嚴重惡化了水環境,引起動物發病。其中懸浮物由有機碎（suì）屑、細菌、藻類和礦物質等細微顆粒組成的膠粘狀物;底泥由有機碎屑、細菌和藻類組成,含纖維素15%~60%,半纖維素10%~30%,木素5%~30%和蛋白質2%~15%,還含（hán）有可溶性（xìng）物質如糖、氨基糖（táng）、有機（jī）酸和氨基酸,占幹物質重（chóng）的10%。而芽孢杆菌通過其酶的作用（yòng）,能分解懸浮物和底（dǐ）泥,從而維持水生生態環境平衡。把芽孢杆菌(菌液濃度≥1010個（gè）/g)投入養殖池,能降低水中COD、BOD,有效改善水質和周圍環境。
3.2 去氮、去硫功能
高密度集約化養殖給養殖池塘生態環境帶來了嚴重的汙染,研究表明,池塘每生產1噸虹鱒池塘總磷和總氮的負載分別為25.6kg和124.2kg。
過量的N、P排入（rù）水體引起池塘富營養化,在池塘內也易形成對水（shuǐ）產動物有毒性的NH4+-N、H2S,影響動物的生長,甚至死亡（wáng）。而芽孢杆（gǎn）菌可利用其豐富的酶（méi）,強烈分解氮（dàn）係、硫（liú）係汙染物,淨化養（yǎng）殖水體。應用芽孢杆菌為主導菌的複合微生態（tài）製劑,含活菌數（shù）為109個/g,首（shǒu）次用（yòng）量為1.5~5.0mg/L,結果增加溶解氧(DO),降低NH4+-N、NO2--N及（jí）H2S,改（gǎi）善了（le）養殖（zhí）環境,池水和底沙中的異（yì）養細菌數量明顯增加。
3.3 分解淤泥
用芽孢杆菌為主的微生物複合製劑,其活菌數為109個/g,用（yòng）量為1.5~4.5
mL/m3,經1個月試驗表（biǎo）明,池底淤泥（ní）被分解了3~125px。利用芽孢杆菌製劑改良底質的應用實驗結果表（biǎo）明（míng）,有機碳未出現（xiàn）積累（lèi）,芽孢杆（gǎn）菌降解有機碳效果顯著;總氮出現積累現象,處理組與實驗組之間差異（yì）不顯著;碳氮比（bǐ）在（zài）底質中呈下降趨勢。
3.4 絮凝作用
芽（yá）孢杆菌有很（hěn）好的絮凝作用,且複合芽孢菌株比單株芽孢杆菌的絮凝效果好。
這種絮凝作用可以將水體（tǐ）中的有機碎屑互相粘連在一起（qǐ）,構成菌膠團,擔負氧化分解的任務,將有機物結合（hé）成絮狀,使重金屬離子、P元（yuán）素沉（chén）澱,水體淨化。
3.5 硝化作用
NO3-在芽（yá）孢杆菌作用下,經NO2-,NO,N2O被還原為N2,即（jí）芽孢杆菌是好氧菌和兼性厭氧菌,以分子氧為載體,在供氧不充分的時間與空間,可以利用硝酸鹽為最終電子載體產生NO2--N和N2,而起反硝化（huà）作用（yòng）,將硝酸鹽移出係統外,提高（gāo）pH。
總的來說,芽孢杆菌具有強烈（liè）的（de）分解碳（tàn）係、氮係、磷係、硫係汙染物,分解蛋白質、複雜多糖、水溶（róng）性有機物的能力,已被廣（guǎng）泛應用。